西藏自元朝起被纳入中央王朝的统治之下，为什么有些人认为是从清朝开始正式统治西藏的？
西藏列入中国版图，是起自元朝忽必烈，经明朝继承，到清朝完善的。具体来说：
一 元代
1234年，蒙古、南宋联合灭金后，南宋与蒙古地界不可避免地直接相邻，双方在窝阔台时期冲突不断。
蒙古一直想要南下灭宋，遂采取南北夹击攻宋的策略，于是，1253年，蒙哥汗命其弟忽必烈率军入吐蕃，迫降吐蕃，兼并大理，使南宋西部无屏障可依。
元代中央政府设置宣政院兼管西藏政事，下设宣慰司、安抚司、宣抚司等，征收赋税，驻屯军队，设置驿站等，西藏地区正式成为元朝的一个地方行政区域。
西藏八思巴与元朝关系密切，创制了八思巴蒙古文，西藏喇嘛也横行元朝各区域，为非作歹不少。
二 明代
吐蕃到明朝时称为乌斯藏，明太祖初年，派使臣招諭，帝师喃家巴藏摄遣使于洪武五年到南京，明朝政府根据元朝所封的南哥思丹巴亦监藏等60人，分别授以指挥同知、检事等，封喃家巴藏卜为“炽盛佛宝国师”。
此外，明朝又设置了乌斯藏、朵甘两都指挥使司，以及宣慰司、招讨司、万户府、千户府等行政机构，任命西藏喇嘛上层僧侣担任各级地方政府官吏。
明朝大力扶植西藏的喇嘛教，喇嘛教教派众多，有红教、白教、花教、黑教等，其中白教派帕木竹巴法王权利最大，遂在帕木竹巴设置万户府，并封帕木竹巴法王为国师，以后历代帕木竹巴法王都由明朝政府册封为“阐化王”。陆续封授了大宝法王、大乘法王、大慈法王、阐化王、辅教王、赞善王、护教王和阐教王等八个王和法王。
黄教（喇嘛教格鲁派）创始人是青海西宁地区的宗喀巴，洪武五年即1372年到西藏求法，洪武二十五年即1392年，创立新派即黄教，要求信徒敬重戒律，刻苦修行，不娶妻，禁止饮酒，戒杀生等。其弟子有名的有甲曹节（第一个信徒）、克珠节（后来追认为一世班禅）、释迦也夫、根敦朱巴（后来追认为一世达赖）等人。到三世达赖索南嘉措时，始有“达赖喇嘛”的尊号。黄教开始传入内蒙古一带，信徒日众，明朝中期以后，势力压倒其它教派，确定达赖和班禅世世转生，用转世“灵童”作为继承人，明朝政府承认其继承办法。
三 清代
皇太极于盛京崇德年间接待达赖五世。
顺治九年即1652年，达赖五世亲到北京晋谒顺治皇帝，顺治皇帝赐给金册金印，并正式授予“达赖喇嘛”封号，并为其修建白塔。
康熙五十二年即1713年，康熙皇帝又赐予班禅五世以班禅额尔德尼封号。由此确立了西藏两大宗教领袖在宗教和政治上的地位。
雍正五年即1727年，清政府设驻藏大臣，加强对西藏的管辖。
乾隆十五年即1750年藏王珠尔默特发动叛乱，平定后遂废止藏王管理事物，颁布“西藏善后章程”，地方管理交给达赖和班禅。
乾隆五十八年即1793年，鉴于西藏大农主勾结廓尔喀（尼泊尔）军队入侵西藏，平定后遂进行改革，颁布《钦定西藏章程》，明确规定驻藏大臣和达赖、班禅地位平等，西藏事物由驻藏大臣和达赖共同管辖，达赖和班禅继承人问题由驻藏大臣监临决定，乾隆皇帝特创金奔巴（金瓶）擎签制度，即在前藏大昭寺内设一金瓶，凡遇达赖、班禅圆寂后，找出其呼毕勒罕（即化身，也即初生婴儿），称之为“灵童”，由驻藏大臣将其姓名各写一签，储于金瓶内，驻藏大臣亲往监视抽签决定达赖或班禅继承人。由此，有关西藏的人事、行政、军事和外交等事物都要经由驻藏大臣的同意，明显加强了对西藏地区的管辖。
通过元明清三代的努力，尤其是清代的不断改革、完善治理，西藏地区得到了有效管辖，并成为中国不可分割的一部分。
