兑现上周Rmarkdown输出pdf、html和docx预告中的承诺来了，我就是这么快。
下面介绍如何配置R以及输出pdf的环境。没有截图，因为感觉没有必要，要么双击安装，要么简单的命令，无需截图。
R和tidyverse安装
R语言安装参考不同操作系统的R语言安装简介先安装好R语言环境，建议安装最新版，可以不用安装Rstudio，不过还是建议安装，毕竟好用。配置CRAN镜像，选择国内的源即可，然后install.packages(“tidyverse”)安装tidyverse。如果选择的linux发行版是Debian系的，可以直接包管理器安装tidyverse，其他系统还是建议使用install.packages的方式安装。
补充点关于Debian11 bullseye安装R和tidyverse的内容。bullseye稳定版官方仓库R是R 4.0.4不是最新版，需要安装最新版的方式有三：
添加R最新版的源
切换bullseye到testing或sid版
源码编译安装最新版的R
真实环境不建议升级到testing或sid版，毕竟不是稳定版，个人使用、虚拟机、容器等可以升级到testing或sid版，升级方式：修改/etc/apt/sources.list文件
deb http://deb.debian.org/debian bullseye main
为
deb http://deb.debian.org/debian testing main
或
deb http://deb.debian.org/debian sid main
然后
apt update && apt upgrade
此时可以直接
apt install r-cran-tidyverse -y
即可直接安装R最新版和tidyverse，记得修改debian源为国内源。
安卓手机上的R语言安装参考在安卓手机上运行python、julia和R，改动的地方是proot安装的linux系统不再使用Arch而是Debian，Anlinux软件中的脚本选择Debian的即可。不选Arch是因为Arch arm下编译好的软件比较少，比如pandoc就没有，而Debian下有，Rmd生成pdf还必须pandoc。这里安装的Debian应该是Debian 10，升级为Debian 11即可，然后就是Debain 11下安装R和tidyverse了，参考上面。Debian 10升级Debian 11先升级旧的包
apt update && apt upgrade
然后修改/etc/apt/sources.list中的buster为bullseye，然后
apt update && apt upgrade
很快就完成升级了，因为初始安装的是最小系统，没有多少包，记得换国内源。
环境配置
如果环境仅仅是为了Rmd输出PDF，建议还是安装谢益辉大神做的tinytex，毕竟别人都是这样建议的。tinytex安装这里不做介绍，因为我用的是texlive。下面是texlive的安装。
各系统都有texlive，安装也容易。
windows去清华源下载texlive的iso安装镜像文件，比较大，好几个G，然后双击打开，里面有安装说明和安装器，稍微阅读说明，双击安装器安装;
Mac下不清楚，mac可以选择安装texlive也可以选择mac下的MacTex；
Linux下，这里还是以Debian 11为例，可以下载texlive.iso文件安装，也可以包管理器安装texlive，我是包管理器安装的texlive-full，安装的包比较多，也比较慢，好处是不用担心缺少包不能生成pdf，省事，一劳永逸，缺点是很多包都没有用；
安卓下先termux安装Debian 11,然后同上，包管理器安装texlive-full。
texlive安装基本不用配置什么，windows下安装路径不要有中文，linux下手动安装请阅读安装说明，是否需要配置环境变量。
模板使用
尽管压缩包里面已经有使用说明了，这里还是要补充一丢丢。
命令行运行
Rscript Rmd.R template.Rmd
就可以得到docx、html和pdf输出，多个Rmd文件使用for循环每一个Rmd文件。
R语言字符串之核酸序列有使用该模板做笔记的例子，见R语言字符串之核酸序列文章内容。
目录
R language
R环境配置
centos7安装R包出错
富集分析气泡图绘制
Rstudio越来越好用了
Rmd生成PDF问题
Rstudio反了后续
ggplot2时间序列图
R语言map处理长数据真方便
prokka注释tsv文件统计
源码安装Rstudio-server
windows上R脚本不好用啊
tidyverse让你批量读写文件并绘图
在安卓手机上运行python、julia和R
打包自己的R函数和脚本为R包in安卓
Python
Python解析命令行调整fasta文件显示宽度
python解析KEGG Orthology (KO) json文件
python爬取万年历信息
python重命名fasta序列
jupyterlab真的很不错
kegg pathway解析并对应map号和ko号
哪里跌倒在哪里爬起来之卸载不小心升级的python包
升级python过时的包
在安卓手机上运行python、julia和R
Julia language
Julia安装和jupyter-lab安装Julia内核
给出两点经纬度使用Julia直接计算距离
大衍之数之Julia代码
Julia周易算卦小脚本
在安卓手机上运行python、julia和R
Linux and windows
Arch Linux安装小记
Arch双显卡切换
Arch与Ubuntu安装软件对比
复制Arch系统到移动硬盘变随身系统
我的Arch桌面
500大洋买了个不到32G的移动硬盘
Linux用户组管理与权限设置
ssh端口转发，断开重连
shell参数扩展${}
哪里跌倒在哪里爬起来之卸载不小心升级的python包
要不要重装windows10系统呢？
原来我笔记本有tpm 2.0，可以等着更新windows11了
我更新windows11了
推荐win11和zotero beta版
win10回不去了
windows上R脚本不好用啊
WSL Ubuntu 18.04安装R 4.0及tidyverse并解决xml2的安装问题
WSL运行32位版usearch
